João César Monteiro est né le 2 février 1939 à Figueira da Foz. Dans les années 1960 il écrit des articles sur le cinéma pour diverses revues portugaises. En 1968, il débute le tournage de son premier court-métrage Sophia de Mello Breyner Andresen sur la poétesse et amie du même nom. Ce court métrage sera suivi en 1970 de Qui attend des souliers de défunt meurt pieds nus. En 1972, il tourne Fragment d'un film-aumône puis en 1973 Que ferais-je de cette épée ? un documentaire qui relate une manifestation ouvrière contre l'OTAN en y mêlant des scènes du Nosferatu de Murnau.

Suivent des films ayant pour base des contes et fables traditionnels du folklore portugais : Veredas, Les deux soldats, L'amour des trois grenades, Le riche et le pauvre, Sylvestre, fables que Monteiro adapte bien sûr à sa sauce.

C'est avec Souvenirs de la maison jaune, qui obtient le Lion d'argent à Venise en 1989, que l'œuvre de J.C. Monteiro prend un nouveau tournant, et reçoit une reconnaissance médiatique. Dans ce film, Monteiro se met pour la première fois en scène (si l'on excepte sa courte apparition vengeresse à la fin du générique de Fragment d'un film-aumône) et crée le personnage de Jean de Dieu.

En 1992, il réalise Le Dernier plongeon. Dans La comédie de dieu (1995), on retrouve le personnage de Jean de Dieu, qui s'est lancé dans le commerce de sorbet et poursuit sa collection de poils pubiens. Des essais en Cinémascope, pour le tournage de ce film, il tirera 3 courts métrages : Ballade avec Johnny Guitar, Bestiaire ou le cortège d'Orphée, Lettre amoureuse.

Avant d'achever la trilogie de Jean de Dieu avec Les Noces de Dieu en 1997, Monteiro réalise Le Bassin de J.W. qui retrace la création de l'Inferno de Strindberg.

Il projette ensuite d'adapter La Philosophie dans le boudoir de Sade, mais considère l'entreprise comme infaisable. Il se tourne alors vers l'œuvre de Robert Walser, dont il adapte Blanche-Neige. Devant les premiers rushes il s'aperçoit que l'image amoindri l'intensité du texte, il décide donc de sortir un film sans images, ce qui provoque un certain scandale au Portugal, le film étant en partie produit par des fonds publics.Il tournera ensuite Va et vient.

Il meurt d'un cancer avant la sortie du film, présenté hors compétition lors du festival de Cannes 2003.