Formé à l'École nationale supérieure Louis-Lumière et par Robert Cordier, après un premier court métrage en 1990, Tout ce temps que je n'ai pas passé dans les cafés, Frédéric Balekdjian réalise son premier film, Les Mauvais Joueurs. Trois ans plus tard, il réalise Un monde à nous avec son fils Anton Balekdjian et Édouard Baer. Il est un des réalisateurs des séries Kaboul Kitchen, Engrenages et Paris Police.