Emmanuel Descombes entre en 1988 à la Fémis dans le département montage. Son film de fin d’études, Faits et Gestes est remarqué par Agnès Varda qui lui décerne en 1993 le prix Jean-Vigo du court métrage. Cette même année, il réalise pour Arte un portrait de Bartabas produit par Marin Karmitz. Pendant dix ans, il est le cadreur et le monteur de tous ses films. Il se tourne d’abord principalement vers les films d’archives comme La Légende de Paris-Roubaix pour France 3 et des portraits d’hommes de lettres. Il réalise ainsi cinq documentaires dans la collection « Un siècle d'écrivains ». À partir de 1999, il s'oriente vers les documentaires de société, en immersion dans différents milieux. À partir de 2008, Emmanuel Descombes élargit son champ d’action et se met à filmer et réaliser autour du monde pour des documentaires de découvertes, de géographie et de connaissances principalement pour Arte.